Faculté des Sciences

COMMUNIQUÉ

Suite à l’autorisation N° 19/164/UMa/R/VR-EPDTIC/DAAC/DEPE/SPE/as du 23 Juillet 2019 de Monsieur le Recteur de l’Université  de Maroua,  le Doyen de la Faculté des Sciences a l’honneur d’informer le public que Monsieur MINGUIRBARA Alain, matricule 17AB0ED584N, étudiant en Doctorat/Ph.D au Département de Physique, soutiendra publiquement sa thèse de Doctorat/Ph.D en Sciences Physiques, option Physique Moléculaire, le mercredi 24 juillet 2019 a 14H00, dans l’amphithéâtre 500B salle du campus de Ouro-Tchédé de l’Université de Maroua sur le thème :

« Etude structurale, conformationnelle et vibrationnelle des fragments d’ADN en présence de contre-ions et de solvants explicite et implicite»

En Anglais

«Structural, conformational and spectroscopic study of DNA fragments in the presence of counter-ions and explicit and/or implicit solvents»

Contribution de la thèse:

L’étude structurale, conformationnelle et vibrationnelle des fragments d’ADN de 3', 5'- dDSMPOO- et 3', 5'-dDCMPOO- sous leurs formes anioniques, neutralisés par les contre-ions (Li+, Na+, K+ ou Mg2+) hexahydraté a permis de voir les effets des contre-ions et du solvant sur les paramètres géométriques (distances interatomiques, angles valenciels et angles de torsion) et les modes normaux de vibration en utilisant la DFT/B3LYP/6-31++G(d). Les fragments d’ADN sont représentés par quatre conformères (g-g-, g-t, g+g+ et g+t). Tous les complexes ont été optimisés grâce à des modèles de solvatation implicite, explicite (représentés par 6H2O placées autour d’un contre-ion et autour du groupe PO2 \_) et un troisième modèle de solvatation dénommé hybride (6H2O/Continuum). Les résultats structuraux obtenus montrent que, dans le modèle de solvatation hybride, les contre-ions (Li+, Na+, K+, Mg2+) restent toujours dans le plan bissecteur de l'angle O1-P-O2, sauf en conformère g+g+ où les contre-ions monovalents (Li+, Na+, K+) s’en éloignent dans le cas du fragment d’ADN dDCMP similaire à l’ADN-Z. Lorsque ces contre-ions sont explicitement hydratés, seuls les plus petits (Li+, Na+) s'écartent du plan bissecteur, alors que les plus volumineux (K+ et Mg2+) restent toujours dans ce même plan. En outre, les conformères (g+g+) et (g+t, g-t) de dDSMP sont les plus stables respectivement en présence des contre-ions monovalents et divalents quels que soit les modèles de solvatation. Par contre, les conformères g-g- et g+g+ de dDCMP sont énergétiquement faibles respectivement dans les modèles de solvatation explicite et hybride. Les nombres d'onde calculés sont obtenus après l’optimisation de la géométrie avec le logiciel Gaussian 09. Les modes normaux de vibration ont été attribués à l’aide des programmes CHANGE PC et BORNS PC exécutés l’un après l’autre. Ces modes sont comparées avec les valeurs expérimentales (Raman (ADN-A et B) et IR (ADN-Z)) pour chaque conformère de tous les complexes. Ces comparaisons montrent que les conformères en présence des contre-ions traités dans le modèle hybride constituent le meilleur compromis de toutes les associations systèmes contre-ions et modèles de solvatation.

Publications :

 Issue de la thèse:

1.  A.Minguirbara, M. Nsangou. DFT study of geometrical and vibrational features of 3', 5'-deoxydisugar-monophosphate (dDSMP) DNA model in presence of counterions and the solvent. Journal of Molecular Modeling (2018) 24 pp. 88(1-16) (Impact Factor:1.426 en 2016)

Autre publication

1.  S. J. Koyambo-Konzapa, A. Minguirbara. M. Nsangou, Solvent effects on structures and vibrational features of zwitterionic dipeptides: L-diglycine and L-dialanine.  Journal of Molecular Modeling 21 (2015).pp.189(1-12). (Impact Factor: 1.736 en 2015)

Cette thèse sera soutenue devant le jury composé ainsi qu’il suit:

À cette occasion, le Doyen remercie l’équipe des travaux sur les Systèmes Moléculaires de  l’Université de Maroua,  pour  son appui technique dans la réalisation de ce travail.